L’aspect « sacré » du dojo trouve donc son origine dans une foi et non dans l’obéissance à des règles obscures. Généralement partagé par plusieurs disciplines, le dojo d’aikido est obligatoirement recouvert de tatami indispensables à la pratique des ukemi (réceptions au sol).
À l’origine, le tatami n’est pas spécifiquement un tapis destiné à une pratique martiale ou sportive : il s’agit de la natte de recouvrement de sol des maisons japonaises traditionnelles (paille de riz recouverte de toile de lin non rugueuse et teinte) dont la mesure approche deux mètres carrés. Dans le passé, on mesurait d’ailleurs la surface des maisons en tatami.
L’entrée dans le dojo signifie le passage dans un autre monde, à l’image du Japon traditionnel : plein de « sérénité et de fureur ». Aux moments d’écoute attentive et de concentration succéderont des instants de pratique intensive et d’explosion d’énergie.
Selon la culture japonaise, le dojo s’organise rationnellement selon les axes frontaux (kamiza-shimoza) et latéraux (joseki-shimoseki). Chaque lieu de la salle ayant une signification propre. Notez que les termes décrits précédemment ne définissent pas les murs d’une salle, mais bien les côtés délimités par l’espace de pratique. Un tatami placé au centre d’une grande salle omnisports (comme c’est souvent le cas lors des stages) possède aussi ces lieux précis en l’absence de murs.